John Shaft pomaga swojemu synowi rozwiązać zagadkę przedwczesnej śmierci jego najlepszego przyjaciela.

Po tym, jak dr Rose Carter bierze udział w traumatycznym zdarzeniu z udziałem pacjentki, wokół niej zaczynają dziać się niewytłumaczalne rzeczy.

Dwadzieścia lat od inwazji obcych w Dzień Niepodległości ludzkość znów zostaje zmuszona do obrony Ziemi przed atakiem z kosmosu.