Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Dwóch astronautów budzi się z hibernacji na opuszczonym statku kosmicznym. Nie wiedzą, kim są, ani co jest celem ich podróży.