Men in Black zawsze chronili Ziemię przed szumowinami z innych planet. Tym razem zmierzą się z największym globalnym zagrożeniem w historii – w ich organizacji jest… wtyczka.

Prywatny detektyw Harry Goodman znika w niewyjaśnionych okolicznościach, a jego 21-letni syn Tim próbuje ustalić, co się wydarzyło.

Natasha Romanoff / Czarna Wdowa, po wydarzeniach z filmu Kapitan Ameryka: Wojna bohaterów zmuszona jest do walki ze złoczyńcą nazywanym Taskmaster.