Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Odchodzący na emeryturę agent CIA stara się doprowadzić do uwolnienia swojego dawnego podwładnego z chińskiego więzienia.