Men in Black zawsze chronili Ziemię przed szumowinami z innych planet. Tym razem zmierzą się z największym globalnym zagrożeniem w historii – w ich organizacji jest… wtyczka.

Agent J przywraca byłemu partnerowi pamięć, by ten pomógł mu powstrzymać najeźdźcę z kosmosu.

Boris Bestia ucieka z więzienia na Księżycu, cofa się w czasie i zabija agenta K. J wyrusza do przeszłości, aby uratować partnera.

Nowojorski policjant zostaje wcielony do tajnych służb zajmujących się tropieniem kosmitów zamieszkujących Ziemię.