W dniu odkrycia Drugiej Ziemi dochodzi do wypadku, w którym ginie żona oraz syn znanego kompozytora. Po kilku latach sprawczyni wychodzi na wolność i jako wolontariuszka nawiązuje romans z artystą.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.

Maszyny chcą zniszczyć Syjon. Neo wyrusza z misją ocalenia ostatniego miasta ludzi.