Mściwy Set przejmuje tron, pogrążając Egipt w chaosie. Śmiertelnik Bek sprzymierza się z bogiem Horusem, by uratować ukochaną przed śmiercią oraz przywrócić krajowi pokój.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.

Maszyny chcą zniszczyć Syjon. Neo wyrusza z misją ocalenia ostatniego miasta ludzi.