Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Leopold, angielski arystokrata z drugiej połowy XIX wieku, trafia do współczesnego Nowego Jorku, gdzie zakochuje się w pięknej Kate.

Joe Gardner prowadzi zespół muzyczny w gimnazjum. Jego prawdziwą pasją jest jednak jazz. Joe przeżywa kryzys – zaczyna zadawać sobie pytania: „Po co tu jestem? Jaki jest cel mojego życia?”.

Michael pracuje dla wielkich korporacji. Przed otrzymaniem zapłaty musi poddawać się zabiegowi czyszczenia pamięci.