Podczas rutynowej misji oddział Joe zostaje zdradzony i prawie całkowicie wymordowany. Ocaleli członkowie ekipy postanawiają dowiedzieć się, kto stoi za atakiem oraz wymierzyć sprawiedliwość.

Grupa zmutowanych wojowników ninja i nieustraszona dziennikarka April O’Neil stają do walki z tajemniczym Klanem Walczących Stóp, który terroryzuje Nowy Jork.

Mechanik i jego córka dokonują odkrycia, które sprowadza do nich Autoboty i Decepticony.

Autoboty muszą obronić Ziemię przed Decepticonami, którzy przygotowują się do podbicia planety.