Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Cierpiący na schizofrenię pracownik fabryki przypadkowo zabija współpracownicę. Usiłując wybrnąć z sytuacji, zwraca się o pomoc do swoich rozgadanych zwierząt – kota i psa.

Lojalność agenta 007 wobec M zostaje wystawiona na próbę po ataku na siedzibę MI6 i kradzieży tajnych danych. Trop wiedzie do osoby z przeszłości szefowej brytyjskiego wywiadu.