Elitarna jednostka wojskowa, znana jako G.I. Joe, staje przed wielkim wyzwaniem, jakim jest zapobiegnięcie użycia śmiercionośnych rakiet mających wywołać chaos na całym świecie.

Autoboty po raz kolejny muszą stanąć do walki z Decepticonami, które chcą przejąć władzę nad Ziemią.

Były żołnierz oddziałów specjalnych zostaje poddany niebezpiecznemu eksperymentowi. Niebawem uwalnia swoje alter ego i rozpoczyna polowanie na człowieka, który niemal zniszczył jego życie.