Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Obiecujący producent muzyki techno pracuje nad nową płytą, wspomagając się narkotykami. Pewnej nocy przedawkowuje i trafia do szpitala psychiatrycznego.

W totalitarnej Anglii jedyną osobą walczącą o wolność jest bojownik przebrany za Guya Fawkesa – V, który pewnego dnia uwalnia z rąk agentów rządowych młodą kobietę.