Detektyw prowadzi śledztwo w sprawie zaginięcia córki swojej dawnej narzeczonej.

Podczas lotu samolotem córka Kyle Pratt znika bez śladu.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.