Kapitan Kirk wraz z załogą USS Enterprise odbywa pięcioletnią misję, podczas której natyka się na złowrogą kosmiczną rasę dowodzoną przez demonicznego Kralla.

Pięcioro zabójców, znajdujących się w szybkim pociągu jadącym z Tokio do Morioki, odkrywa, że ich zlecenia są ze sobą wzajemnie powiązane. Powstaje pytanie, kto wyjdzie z pociągu żywy i co ich czeka na stacji końcowej.

Załoga USS Enterprise planuje pojmanie bezwzględnego terrorysty, zanim zniszczy on ich organizację od wewnątrz.

Początki załogi USS Enterprise. James Kirk i Spock łączą siły, by ocalić swoich przyjaciół przed śmiertelnym niebezpieczeństwem.