Po latach nieobecności Superman wraca na Ziemię, by ocalić ludzkość i pokrzyżować plany Lexa Luthora.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.

Maszyny chcą zniszczyć Syjon. Neo wyrusza z misją ocalenia ostatniego miasta ludzi.

Grupa przygłupich nastolatków musi uciekać przed seryjnym mordercą.