Kapitan Malcolm Reynolds zarabia wynajmując swój statek transportowy „Serenity”. Przyjęcie na pokład młodego lekarza z siostrą okazuje się być kluczem do wielkiej tajemnicy.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.

Maszyny chcą zniszczyć Syjon. Neo wyrusza z misją ocalenia ostatniego miasta ludzi.