Mulder i Scully muszą powrócić do czynnej służby, kiedy zostaje porwana agentka FBI.

Była osadzona, doświadczająca odrzucenia ze strony lokalnej społeczności, desperacko poszukuje młodszej siostry w nadziei na odkupienie.

Na skutek promieniowania kosmicznego załoga promu nabywa supermoce, których używa w walce z wrogiem, Victorem von Doomem.

Pomiędzy rasami orków i ludzi wybucha krwawa wojna o terytorium.