Mary Katherine, córka naukowca, trafia do Zielonego Królestwa zwierząt, gdzie wraz z nowymi przyjaciółmi stawi czoła siłom zagrażającym Matce Naturze.

Maniek, Diego i Sid muszą stawić czoła kolejnym wyzwaniom, w tym wędrówce kontynentów, która może zagrozić przyszłości ich świata.

Blu i Jewel razem z potomstwem postanawiają przeprowadzić się do Amazonii, by nauczyć dzieci jak powinny żyć prawdziwe ptaki.