Annie wraz z narzeczonym wyrusza w rejs luksusowym statkiem pasażerskim. Na pokładzie znajduje się też psychopata Geiger, który przejmuje kontrolę nad maszyną.

Tulio i Linda wyruszają do słonecznej Brazylii, by połączyć w parę dwoje ostatnich przedstawicieli ary modrej, zapobiegając wyginięciu gatunku.

Blu i Jewel razem z potomstwem postanawiają przeprowadzić się do Amazonii, by nauczyć dzieci jak powinny żyć prawdziwe ptaki.