Agentka CIA, Mallory Kane, zostaje zdradzona przez zwierzchników. Uciekając przed ścigającymi agencjami rządowymi, planuje odnaleźć i ukarać tych, którzy ją wystawili.

Po zerwaniu toksycznej relacji mąż Cecilii, naukowiec-wynalazca popełnia samobójstwo. Od tej pory zaczynają ją prześladować dziwne zdarzenia.

Zbuntowany program Smith rozpoczyna przejmowanie kontroli w Matrixie, a armia maszyn zbliża się do Syjonu. Jedyną nadzieją na ratunek jest Neo.

Maszyny chcą zniszczyć Syjon. Neo wyrusza z misją ocalenia ostatniego miasta ludzi.