Film rozgrywa się w odległej przyszłości, kiedy to tajemnicza choroba uśmierciła większą część ludności. Aeon Flux ma zabić jednego z głównych członków Kongresu rządzącego Bregną.

Edward de Vere jest utalentowanym pisarzem, który ze względu na arystokratyczne pochodzenie nie może publikować dzieł pod własnym nazwiskiem. Za autora jego sztuk podaje się aktor o imieniu William Szekspir.