Po pojawieniu się nowego zagrożenia Król Potworów powraca, by ponownie przywrócić w przyrodzie równowagę.

Były agent rządowy zostaje oskarżony o morderstwo. Ścigany przez służby musi dowieść niewinności i odnaleźć prawdziwych sprawców zbrodni.

Zamieszkujące San Francisco niedobitki ludzkiej rasy spotykają inteligentne małpy, których przywódcą jest Cezar. Zawarty przez obie grupy pokój wydaje się krótkotrwały.

Beatrice Prior i Tobias Eaton wyruszają poza ogrodzenie miasta, gdzie zostają zabrani do aresztu prewencyjnego przez Biuro Opieki Genetycznej.